ライガとクウガが飼育係の手伝いをしているジョーノ動物園で忍者イベントが行われ、たくさんのお客さんで盛り上がっている。そこへ、宇宙から来た敵・ダークスピナーが『ニンジャラ―』を出現させて、動物園は大騒ぎに! ライガとクウガはグランナ―に変身し、出動。ところが、ニンジャラ―の放った手裏剣攻撃でガオグランナーレオが動けなくなってしまう! ガオグランナーイーグルに乗ったクウガは…。